发现鱼缸中有藻类后，首先需要做的就是人工清理。因为这种方法虽然不能根除藻类，但可以遏制其进一步蔓延。清理的方法也比较简单，准备一些软布，将其水缸中附着的藻类擦掉就可以了。清理的时候最好将鱼儿捞出，之后还要换换水。
如果不想定期就清理一次藻类，最好的方法就是养鱼除藻。很多鱼类在除藻方面都有很不错的效果，比如清道夫、金苔鼠等等，需要注意的是，混养鱼类有一定的风险，一定要去确保它们之间不会相互攻击，不然就会导致鱼儿受伤，处理起来很麻烦。
除藻剂的种类有很多，常见的就是戊二醛和硫酸铜，不过这两种药物不能一起用，否则会导致失效。根据藻类的情况，选择合适的浓度。如果爆藻的话，用量就要多一些，如果藻类不多或者想要预防的话，就可以少用一点。
环境才是导致藻类爆发的主要原因。首先是光照的问题，适当的遮阴对于遏制藻类生长很有帮助。其次是水体的营养，平时要减少投喂饵料，还要及时将水中的残饵和鱼便等清理出去。
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